Leistung vu véier Nukleinsäure-Amplifikatiounstester fir SARS-CoV-2 an Äthiopien z'identifizéieren

Merci fir Äre Besuch op Nature.com. Dir benotzt eng Browserversioun mat limitéierter CSS-Ënnerstëtzung. Fir déi bescht Erfahrung empfeelen mir Iech en aktualiséierte Browser ze benotzen (oder de Kompatibilitéitsmodus am Internet Explorer auszeschalten). Zousätzlech, fir eng weider Ënnerstëtzung ze garantéieren, weisen mir d'Websäit ouni Stiler a JavaScript.
Weist e Karussell vun dräi Folien gläichzäiteg un. Benotzt d'Knäppercher "Virdrun" an "Nächst" fir duerch dräi Folien gläichzäiteg ze navigéieren, oder benotzt d'Schieberknäppercher um Enn fir duerch dräi Folien gläichzäiteg ze navigéieren.
Zënter dem Ausbroch vun der Coronavirus-Krankheet (COVID-19) am Joer 2019 goufen weltwäit vill kommerziell Nukleinsäure-Amplifikatiounstester (NAATs) entwéckelt a sinn zu Standardtester ginn. Obwuel verschidde Tester séier entwéckelt an op Labordiagnostiker ugewannt goufen, gouf d'Leeschtung vun dësen Tester net a verschiddene Kontexter evaluéiert. Dofir hat dës Studie zum Zil, d'Leeschtung vun den Abbott SARS-CoV-2-, Daan Gene-, BGI- a Sansure Biotech-Tester mat Hëllef vum Composite Reference Standard (CRS) ze evaluéieren. D'Studie gouf vum 1. bis den 30. Dezember 2020 am Ethiopian Public Health Institute (EPHI) duerchgefouert. 164 Nasopharyngeal-Prouwen goufen mat dem QIAamp RNA Mini-Kit an dem Abbott DNA-Proufvirbereedungssystem extrahéiert. Vun 164 Prouwe waren 59,1% positiv an 40,9% negativ fir CRS. D'Positivitéit vu Sansure Biotech war am Verglach mat CRS däitlech niddreg (p < 0,05). D'Positivitéit vu Sansure Biotech war am Verglach mat CRS däitlech niddreg (p < 0,05). Положительные результаты Sansure Biotech были значительно ниже по сравнению с CRS (p < 0,05). Déi positiv Resultater vu Sansure Biotech waren am Verglach mat CRS däitlech méi niddreg (p < 0,05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0.05）.与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0.05）. У Sansure Biotech было значительно меньше положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Sansure Biotech hat däitlech manner positiv Resultater am Verglach mat CRS (p < 0,05).Déi allgemeng Iwwereneestëmmung vun de véier Analysen louch am Verglach zum CRS bei 96,3–100 %. Nieft der niddreger Positivitéitsquote vum Sansure Biotech-Assay war d'Leeschtung vun de véier Tester bal vergläichbar. Dofir brauch de Sansure Biotech [Research Only (RUO)]-Assay eng zousätzlech Validatioun fir seng Notzung an Äthiopien. Schlussendlech sollt weider Fuerschung berécksiichtegt ginn, fir Tester mat entspriechenden Hierstelleraussoen ze evaluéieren.
Labortester sinn Deel vum strategesche Plang vun der Weltgesondheetsorganisatioun (WHO) fir d'Virbereedung an d'Reaktioun op de Coronavirus 2019 (COVID-19). D'WHO riet, datt d'Länner hir Laborkapazitéiten opbauen mussen, fir d'Virbereedung, d'korrekt Fallmanagement, d'Wachsamkeet an d'schnell Reaktioun op Erausfuerderunge vun der ëffentlecher Gesondheet ze verbesseren. Dëst weist drop hin, datt d'Roll vum Laboratoire entscheedend ass fir d'Krankheet an d'Epidemiologie vun opkomende infektiösen Agenten ze charakteriséieren an hir Verbreedung ze kontrolléieren.
D'Diagnos vu COVID-19 erfuerdert epidemiologesch an medizinesch Informatiounen, perséinlech Symptomer/Zeechen, a radiologesch an Labordaten2. Zënter dem Bericht iwwer den COVID-19-Ausbroch zu Wuhan a China goufen weltwäit vill kommerziell Nukleinsäure-Amplifikatiounstester (NAATs) entwéckelt. Echtzäit-Reverse-Transkriptiouns-Polymerase-Kettenreaktioun (rRT-PCR) gëtt als Routine- a Standardmethod fir d'Labordiagnos vun enger Infektioun mam schwéiere akuten respiratoresche Syndrom 2 (SARS-CoV-2)3 benotzt. Déi molekular Detektioun vu SARS-CoV-2 baséiert typescherweis op den N- (Nukleokapsidprotein-Gen), E- (Envelopeprotein-Gen) an RdRp- (RNA-ofhängegen RNA-Polymerase-Gen)-Genen an der ORF1a/b-Regioun (Open Reading Frame 1a/b) déi aus dem virale Genom identifizéiert goufen. Si gëllen als déi wichtegst konservéiert Regiounen, déi a virale Genomer fir d'Viruserkennung fonnt ginn4. Ënnert dëse Genen hunn d'RdRp- an d'E-Genen eng héich analytesch Detektiounsempfindlechkeet, während den N-Gen eng niddreg analytesch Empfindlechkeet5 huet.
D'Leeschtung vu PCR-Tester kann jee no verschiddene Faktoren variéieren, wéi zum Beispill: Extraktiounsreagenzien, Amplifikatiouns-/Detektiounsreagenzien, Extraktiounsmethod, Qualitéit vun der PCR-Maschinn an aner Instrumenter. Am Abrëll 2020 kruten iwwer 48 verschidden Diagnosegeräter aus néng Länner d'Noutfallautorisatioun (EUA) fir d'COVID-196-Diagnostik. An Äthiopien gi méi wéi 14 Echtzäit-PCR-Plattforme fir d'PCR-Detektioun vu SARS-CoV-2 a 26 ëffentleche Gesondheetsariichtungen benotzt, dorënner ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 a Quant-studio7. Zousätzlech si verschidde PCR-Testkits verfügbar, wéi den Daan Gene Test, den Abbott SARS-CoV-2 Test, de Sansure Biotech Test an den SARS-CoV-2 BGI Test. Obwuel rRT-PCR héich sensibel ass, mellen e puer Patienten mat COVID-19 falsch negativ Resultater wéinst net genuch Kopie vu viraler Ribonukleinsäure (RNA) a Proben wéinst falscher Sammlung, Transport, Lagerung an Ëmgang, a Labortester. Konditiounen an Aktiounen vum Personal8. Zousätzlech kënnen falsch Behandlung vu Proben oder Kontrollen, d'Astellung vum Zyklusschwellwäert (Ct) an d'Kräizreaktivitéit mat anere pathogene Nukleinsäuren oder inaktiver/residueller SARS-CoV-2 RNA zu falsch-positiven Resultater an rRT-PCR9 Tester féieren. Dofir ass et kloer, datt PCR-Tester tatsächlech Träger vu Genfragmenter identifizéiere kënnen, well se net emol tëscht wierklech aktive virale Genen ënnerscheede kënnen, sou datt d'Tester nëmme Träger an net Patienten identifizéiere kënnen10. Dofir ass et wichteg, d'Diagnoseleeschtung mat Standardmethoden an eisem Kader ze evaluéieren. Obwuel vill NAAT-Reagenzien am Ethiopian Public Health Institute (EPHI) a am ganze Land verfügbar sinn, gouf nach keng komparativ Evaluatioun vun hirer Effizienz gemellt. Dofir hat dës Studie zum Zil, d'komparativ Leeschtung vu kommerziell verfügbare Kits fir den Noweis vu SARS-CoV-2 duerch rRT-PCR mat klineschen Proben ze evaluéieren.
Insgesamt 164 Participanten mat Verdacht op COVID-19 goufen an dës Studie abegraff. D'Majoritéit vun de Prouwe koumen aus Behandlungszentren (118/164 = 72%), während déi reschtlech 46 (28%) Participanten aus Net-Behandlungszentren koumen. Ënnert de Participanten, déi net am Zentrum behandelt goufen, haten 15 (9,1%) klinesch verdächteg Fäll an 31 (18,9%) ware Kontakter mat bestätegte Fäll. Dräianzwanzeg (56,7%) Participanten ware männlech, an den Duerchschnëttsalter (± SD) vun de Participanten war 31,10 (± 11,82) Joer.
An dëser Studie goufen déi positiv an negativ Raten vu véier Tester fir COVID-19 bestëmmt. Dofir louchen déi positiv Raten vum Abbott SARS-CoV-2 Assay, Daan Gene 2019-nCoV Assay, SARS-CoV-2 BGI Assay a Sansure Biotech 2019-nCoV Assay bei 59,1%, 58,5%, 57,9% a respektiv 55,5%. Déi positiv an negativ Composite Reference Standard (CRS) Scores louchen bei 97 (59,1%) a 67 (40,9%), respektiv (Tabell 1). An dëser Studie baséiert d'Definitioun vu CRS op der "all positiv" Regel, woubäi vu véier Testergebnisse zwee oder méi Testergebnisse, déi datselwecht Resultat ginn hunn, als wierklech positiv oder negativ ugesi goufen.
An dëser Studie hu mir eng negativ Prozentsazkonformitéit (NPA) vun 100% (95% KI 94,6–100) fir all Analysen am Verglach zum CRS festgestallt. D'Sansure Biotechnology Analyse huet eng minimal PPA vun 93,8% (95% KI 87,2-97,1) gewisen an d'Daan Gene 2019-nCoV Analyse hat eng Gesamtkonformitéit vun 99,4% (95% KI 96,6-99,9). Am Géigesaz dozou war d'Gesamtkonformitéit tëscht dem SARS-CoV-2 BGI Assay an dem Sansure Biotech 2019-nCoV Assay 98,8% respektiv 96,3% (Tabell 2).
De Cohen-Kappa-Koeffizient vun der Iwwereneestëmmung tëscht CRS an den Abbott SARS-CoV-2-Assayresultater war vollstänneg konsequent (K = 1,00). Ähnlech sinn d'Cohen-Kappa-Wäerter, déi vum Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI a Sansure Biotech 2019-nCoV festgestallt goufen, och vollstänneg konsequent mat CRS (K ≥ 0,925). An dëser komparativer Analyse huet den Chi-Quadrat-Test (McNemar-Test) gewisen, datt d'Resultater vum Sansure Biotech 2019-nCoV-Assay signifikant vun de CRS-Resultater ënnerscheet waren (p = 0,031) (Tabell 2).
Wéi an der Fig. gewisen.1 De Prozentsaz vum niddregsten Ct-Wäert (< 20 Ct) vum Abbott SARS-CoV-2-Assay (kombinéiert RdRp- an N-Gen) war 87,6% an den ORF1a/b-Gen-Ct-Wäert vum Sansure Biotech 2019-nCoV-Assay huet gewisen, datt de Prozentsaz vum niddrege Ct-Wäert (< 20 Ct) 50,3% an den héije Ct-Wäert (36–40 Ct) 3,2% war. 1 De Prozentsaz vum niddregsten Ct-Wäert (< 20 Ct) vum Abbott SARS-CoV-2-Assay (kombinéiert RdRp- an N-Gen) war 87,6% an den ORF1a/b-Gen-Ct-Wäert vum Sansure Biotech 2019-nCoV-Assay huet gewisen, datt de Prozentsaz vum niddrege Ct-Wäert (< 20 Ct) 50,3% an den héije Ct-Wäert (36–40 Ct) 3,2% war.Wéi an der Fig. gewisen.1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) составил 87,6 Ct. анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (< 20 Ct) составлял 50,3%, а высокое значения (< 20 Ct) составлял 50,3%, a высокое значен 36 Käschte vun 3,2%. 1, de Prozentsaz vun der Analyse vum Abbott SARS-CoV-2 (kombinéiert Gen RdRp an N) mam niddregsten Ct-Wäert (< 20 Ct) war 87,6%, an de Ct-Wäert vun der ORF1a/b-Genanalyse vum Sansure Biotech 2019-nCoV huet gewisen, datt de Prozentsaz vun engem niddrege Ct-Wäert (< 20 Ct) 50,3% an engem héije Ct-Wäert (36–40 Ct) 3,2% ausgemaach huet.如图1 所示，Abbott SARS-CoV-2 检测（结合RdRp 和N 基因）的最低Ct 值百分比三（7.6% Ct. 2019-nCoV 检测的ORF1a/b 基因Ct 值显示低Ct 值(< 20 Ct) 的百分比为50.3%，高Ct 值(36)的百分比为3,2%. Wéi an der Figur 1 gewisen, ass de niddregsten Ct-Wäertprozentsaz (< 20 Ct) vum Abbott SARS-CoV-2 Test (Kombinatioun vum RdRp an dem N Gen) 87,6%, den ORF1a/b Gen Ct-Wäert vum Sansure Biotech 2019-nCoV Test weist en niddrege Ct-Prozentsaz (< 20 Ct) vu 50,3%, an de Prozentsaz vun 高Ct-Prozentsaz (36–40 Ct) vu 3,2%. Wéi показано на рисунке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) имел самое низкое процентное процентное зентное 2 Ctчентное 0 размере 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b в исследовании Sansure Biotech 2019- Анализ nCoV показал низкий Ct. Wéi an der Figur 1 gewisen, hat den Abbott SARS-CoV-2 Assay (mat der Kombinatioun vun den RdRp- an N-Genen) de niddregsten prozentualen Ct-Wäert (< 20 Ct) mat 87,6%, während de Ct-Wäert vum ORF1a/b-Gen an der Sansure Biotech 2019-Studie – D'Analyse vun nCoV huet e niddrege Ct gewisen. Процент значений (< 20 Ct) составил 50,3%, а процент высоких значений Ct (36–40 Ct) составил 3,2%. De Prozentsaz vun de Wäerter (< 20 Ct) louch bei 50,3 %, an de Prozentsaz vun den héije Ct-Wäerter (36–40 Ct) bei 3,2 %.Den Abbott SARS-CoV-2 B-Test huet Ct-Wäerter iwwer 30 opgezeechent. Op der anerer Säit hat den ORF1a/b-Gen am BGI SARS-CoV-2-Assay en héije Ct-Wäert (> 36 Ct), de Prozentsaz louch bei 4% (Fig. 1). Op der anerer Säit hat den ORF1a/b-Gen am BGI SARS-CoV-2-Assay en héije Ct-Wäert (> 36 Ct), de Prozentsaz louch bei 4% (Fig. 1). D'Erhéijung vun der BGI SARS-CoV-2 Général ORF1a/b ass e staarken Ct (> 36 Ct), e Prozentsaz vu 4% vun 1%. Op der anerer Säit hat den ORF1a/b an der Analyse vum BGI SARS-CoV-2 Gen en héije Ct-Wäert (> 36 Ct), deem säi Prozentsaz 4% war (Fig. 1).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分毼为分毼为。 Op der anerer Säit ass bei der BGI SARS-CoV-2-Detektioun de Prozentsaz vum ORF1a/b-Gen mat engem héije Ct-Wäert (>36 Ct) 4% (Figur 1). Сдругой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 процент генов ORF1a/b mat высокими значениями Ct (> 36 Ct) составил 4% (рис.). Op der anerer Säit louch an der BGI SARS-CoV-2 Analyse de Prozentsaz vun den ORF1a/b-Genen mat héije Ct-Wäerter (>36 Ct) bei 4% (Fig. 1).
An dëser Studie hu mir 164 Nasopharyngealproben geholl. Fir all Zorte vun Tester gouf d'RNA-Isolatioun an d'Amplifikatioun mat de Methoden a Kits duerchgefouert, déi vun de jeeweilege Produzenten recommandéiert goufen.
Dës Studie huet gewisen, datt den Abbott-Test fir SARS-CoV-2 déiselwecht Detektiounsleistung wéi CRS huet, mat 100% positiver, negativer a genereller Konkordanz. D'Cohen-Kappa-Iwwereneestëmmung ass 1,00, wat eng voll Iwwereneestëmmung mam CRS weist. Eng ähnlech Studie vun der University of Washington an den USA huet festgestallt, datt déi allgemeng Sensibilitéit a Spezifizitéit vum Abbott-Test fir SARS-CoV-2 93% respektiv 100% war, am Verglach mam Laboratoire-bestëmmten Assay (LDA) vun den CDC. 11. Den Abbott SARS-CoV-2-Detektiounssystem baséiert op der gläichzäiteger kombinéierter Detektioun vun den N- an RdRp-Genen, well béid Genen méi empfindlech sinn, wat falsch Negativer miniméiert12. Eng Studie zu Wien, Éisträich, huet och gewisen, datt grouss Extraktiounsprobevolumen a Volumen vun Detektiounseluenten d'Verdënnungseffekter miniméiert an d'Detektiounseffizienz erhéicht13. Sou kann den Abbott säi perfekte Match fir den SARS-CoV-2-Assay mat engem Plattformdetektiounssystem associéiert ginn, dat gläichzäiteg kombinatoresch Genen detektéiert, eng grouss Zuel vu Proben extrahéiert (0,5 ml) an eng grouss Quantitéit un Eluent (40 µl) benotzt.
Eis Resultater hunn och gewisen, datt d'Detektiounsleistung vum Daan-Gentest bal d'selwecht war wéi déi vum CRS. Dëst entsprécht enger Studie14, déi vun der Anhui Universitéit zu Huainan a China duerchgefouert gouf, an der Ausso vum Hiersteller iwwer eng 100% positiv Iwwereneestëmmung. Trotz Berichter iwwer konsequent Resultater war eng Prouf falsch negativ nodeems datselwecht Eluat nei getest gouf, awer positiv an den Abbott SARS-CoV-2- an Sansure Biotech nCoV-2019-Tester. Dëst weist drop hin, datt et Variabilitéit an de Resultater tëscht verschiddenen Testtypen ka ginn. Trotzdeem war d'Resultat vum Daan Gene-Assay an der Studie, déi a China duerchgefouert gouf15, signifikant anescht (p < 0,05) am Verglach mat hirem am Laboratoire definéierte Referenzassay. Trotzdeem war d'Resultat vum Daan Gene-Assay an der Studie, déi a China duerchgefouert gouf15, signifikant anescht (p < 0,05) am Verglach mat hirem am Laboratoire definéierte Referenzassay. Тем не менее, в исследовании, проведенном в Китае15, результат анализа Daan Gene значительно отличался (p < 0,05) эталонного анализа. Wéi och ëmmer, an enger Studie a China15 war d'Analyseresultat vum Daan Gene signifikant anescht (p < 0,05) wéi hir Referenzanalyse am Laboratoire.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差异（p < 0,05).然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差<0.05 Однако в исследовании, проведенном в Китае15, результаты генетического теста Daan значительно отличалисьсь 5 (p < 0,юсра) его эталонным лабораторным тестом. Wéi och ëmmer, an enger Studie a China15 waren d'Resultater vum Daan sengem geneteschen Test signifikant anescht (p < 0,05) am Verglach mat sengem Referenzlaboratoiretest.Dës Diskrepanz kéint op d'Sensibilitéit vum Referenztest fir den Noweis vun SARS-CoV-2 zréckzeféieren sinn, a weider Studien kéinte wichteg sinn fir d'Ursaach ze bestëmmen.
Zousätzlech huet eis Studie déi komparativ Leeschtung vum SARS-CoV-2 BGI-Assay mat CRS evaluéiert, a weist eng exzellent positiv Prozentsazkonformitéit (PPA = 97,9%), negativ Prozentsazkonformitéit (NPA = 100%) an eng allgemeng Prozentsazkonformitéit no Geschlecht (OPA). = 98,8%). D'Cohen-Kappa-Wäerter hunn eng gutt Konformitéit gewisen (K = 0,975). Studien an den Nidderlanden16 a China15 hunn konsequent Resultater gewisen. Den SARS-CoV-2 BGI-Test ass en Detektiounstest fir een eenzegt Gen (ORF1a/b), dat 10 µl Amplifikatiouns-/Detektiounseluat benotzt. Trotz enger gudder statistescher Konformitéit mat eise Referenzresultater hunn d'Analyse zwou positiv Proben (1,22%) vun der gesamter Prouf verpasst. Dëst kann enorm klinesch Implikatioune fir d'Transmissiounsdynamik souwuel op Patienten- wéi och op Gemeinschaftsniveau hunn.
Eng aner komparativ Analyse, déi an dëser Studie abegraff war, war de Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO) Assay; de Gesamt-Iwwereneestëmmungsprozentsaz louch bei 96,3%. D'Stäerkt vun der Iwwereneestëmmung gouf och vum Cohen's Kappa-Wäert bestëmmt, deen 0,925 war, wat eng voll Iwwereneestëmmung mam CRS ugeet. Och hei sinn eis Resultater identesch mat Studien, déi vun der Central South University zu Changsha, China, an am Clinical Laboratory Department vum Liuzhou People's Hospital an der Stad Liuzhou, China17, duerchgefouert goufen. Och wann déi uewe genannte gutt statistesch Konkordanz festgestallt gouf, huet de Chi-Quadrat-Test (MacNemar-Test) gewisen, datt d'Resultat vum Sansure Biotech-Assay en statestesch signifikanten Ënnerscheed am Verglach zum CRS hat (p < 0,005). Och wann déi uewe genannte gutt statistesch Konkordanz festgestallt gouf, huet de Chi-Quadrat-Test (MacNemar-Test) gewisen, datt d'Resultat vum Sansure Biotech-Assay en statestesch signifikanten Ënnerscheed am Verglach zum CRS hat (p < 0,005). (Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое соответствие, криратерикий Макнемара) показал, что результат анализа Sansure Biotech имеет статистически значимое различие по сравнению с CRS (p < 0,05). Obwuel déi gutt statistesch Iwwereneestëmmung uewen festgestallt gouf, huet de Chi-Quadrat-Test (McNemar-Test) gewisen, datt d'Resultat vum Sansure Biotech-Assay en statestesch signifikanten Ënnerscheed am Verglach zum CRS hat (p < 0,005).尽管记录了上述良好的统计一致性，但卡方检验（MacNemar 检验）桨明，Sansure 明，Sansure Biotech相比具有统计学显着差异（p <0.005）.尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 桨明 , san biotech ，与 crs 相比 具有 显着 ((p <0.005。。。。。。。。。。。。。。。。〉。〼。。。。。… Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макрамакне) статистически значимую разницу (p < 0,005) между анализом Sansure Biotech a CRS. Trotz der gudder statistescher Iwwereneestëmmung, déi uewe genannt gouf, huet de Chi-Quadrat-Test (McNemar-Test) en statestesch signifikanten Ënnerscheed (p < 0,005) tëscht dem Sansure Biotech-Assay an dem CRS gewisen.Sechs Prouwe (3,66%) goufen am Verglach mat CRS als falsch negativ erkannt (Zousätzlech Tabelle 1); dëst ass ganz wichteg, besonnesch wéinst der Dynamik vun der Iwwerdroung vum Virus. Déi uewe genannten Donnéeën ënnerstëtzen och dës niddreg Detektiounsquote15.
An dëser Studie goufen Ct-Wäerter fir all Assay a jeeweileg Plattform bestëmmt, mat dem niddregsten duerchschnëttleche Ct-Wäert, deen am Abbott SARS-CoV-2 Assay gemellt gouf. Dëst Resultat kéint mam simultane kombinéierte geneteschen Testsystem vun Abbott fir den Noweis vu SARS-CoV-2 zesummenhänken. Dofir haten, laut Figur 1, 87,6% vun den Abbott SARS-CoV-2 Resultater Ct-Wäerter ënner 20. Nëmmen eng kleng Zuel vu Proufresultater (12,4%) louch am Beräich vun 20-30. Ct-Wäerter iwwer 30 goufen net opgeholl. Zousätzlech zu der Benotzung vum SARS-CoV-2 Panel geneteschen Testformat duerch Abbott kéint dëst Resultat mat der ënneschter Detektiounsgrenz (32,5 RNA Kopien/ml)18 zesummenhänken, déi dräimol méi niddreg ass wéi déi ënnescht Grenz vun der Firma vun 100 RNA Kopien/ml)19.
Dës Studie huet e puer Aschränkungen: éischtens, mir hunn keng Standard-/Referenzmethoden [wéi z.B. viral load oder aner Labortester (LDA)] wéinst engem Manktem u Ressourcen. Zweetens, all Proben, déi an dëser Studie benotzt goufen, waren Nasopharyngeal-Stuben, während d'Resultater net op aner Probentypen uwendbar waren, an drëttens, war eis Proufgréisst kleng.
Dës Studie huet d'Leeschtung vu véier rRT-PCR-Tester fir SARS-CoV-2 mat Nasopharyngeale Proben verglach. All Detektiounstester haten eng bal vergläichbar Leeschtung, mat Ausnam vum Sansure Biotech-Test. Ausserdeem gouf déi niddreg Positivitetsquote am Sansure Biotech-Assay am Verglach zum CRS identifizéiert (p < 0,05). Ausserdeem gouf déi niddreg Positivitetsquote am Sansure Biotech-Assay am Verglach zum CRS identifizéiert (p < 0,05). Crème thogo, an der Sansure Biotech был выявлен низкий процент положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Zousätzlech huet den Sansure Biotech-Test e niddrege Prozentsaz vu positive Resultater am Verglach zu CRS gewisen (p < 0,05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p <0.05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p <0.05). Кроме того, анализ Sansure Biotech имел более низкий уровень положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). Zousätzlech hat de Sansure Biotech-Assay eng méi niddreg Positivitéitsquote am Verglach mat CRS (p < 0,05).D'Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) Analyse vu PPA, NPA an der Gesamtkonformitéit huet 93,5% mat engem Cohen Kappa Stäerkt vun der Konformitéitswäert vun 0,925 iwwerschratt. Schlussendlech brauch de Sansure Biotech Assay (RUO) weider Validatioun fir de Gebrauch an Äthiopien, a weider Fuerschung sollt berécksiichtegt ginn fir d'Aussoe vun eenzelne Produzenten ze evaluéieren.
E vergläichend Studiendesign gouf a véier Gesondheetsariichtungen zu Addis Abeba duerchgefouert, dem Eka Kotebe Spidol, dem Millennium Church Treatment Centre, dem Zewooditu Memorial Spidol an dem St. Peter's Tuberculosis Specialist Hospital. D'Donnéeë goufen tëscht dem 1. an dem 31. Dezember 2020 gesammelt. Déi medizinesch Ariichtungen fir dës Studie goufen bewosst op Basis vun hirer héijer Zuel vu Fäll an der Disponibilitéit vu grousse Behandlungszentren an der Stad ausgewielt. Ähnlech goufen Instrumenter, dorënner d'ABI 7500 an d'Abbott m2000 Echtzäit-PCR-Instrumenter, no de Empfehlungen vun den NAAT-Reagenziersteller ausgewielt, a véier PCR-Detektiounskits goufen fir dës Studie ausgewielt, well déi meescht Laboratoiren an Äthiopien op d'mannst véier dovun benotzt hunn. Gentest, Abbott SARS-CoV-2 Test, Sansure Biotech Test an SARS-CoV-2 BGI Test, déi während der Studie duerchgefouert goufen.
SARS-CoV-2 Tester goufen vum 1. bis den 30. Dezember 2020 mat 3 ml Viral Transport Medium (VTM) (Miraclean Technology, Shenzhen, China) vu Persounen duerchgefouert, déi wéinst COVID-19 ënnersicht goufen an un d'EPHI iwwerwise goufen. Nasofaryngeal Prouwe goufen vun trainéierte Proufsammler gesammelt an an Dräifachpackungen un d'EPHI geschéckt. Virun der Nukleinsäureisolatioun kritt all Prouf eng eenzegaarteg Identifikatiounsnummer zougewisen. D'Extraktioun gëtt aus all Prouf direkt no der Arrivée mat manuellen an automateschen Extraktiounsmethoden duerchgefouert. Dofir goufen fir déi automatesch Extraktioun vun Abbott m2000 1,3 ml (inklusiv 0,8 ml Doudesvolumen an 0,5 ml Extraktiounsinlaatvolumen) vun der Prouf aus all Prouf extrahéiert an duerch den Abbott DNA Sample Preparation System (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, USA) geleet. ) Eng Charge vun 96 [92 Proben, zwou Detektiounskontrollen an zwou Net-Schablounenkontrollen (NTC)] gouf am Gesamtprozess (Ofhuele an Detektioun) vun zwou Ronnen SARS-CoV-2 (EUA) a Echtzäit abegraff. Ähnlech ginn déiselwecht Proben fir manuell Extraktioun benotzt (fir automatesch Extraktioun an Detektioun). Sou goufen am ganze Prozess 140 µl Proben aliquotéiert an extrahéiert mat dem QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Däitschland) a Chargen vun 24 (inklusiv 20 Proben, zwou Assaykontrollen an zwee NTCen) iwwer néng Ronnen. Manuell extrahéiert Eluate goufen amplifizéiert an mat engem ABI 7500 Thermocycler mat dem SARS-CoV-2 BGI Assay, dem Daan Gene Assay an dem Sansure Biotech Assay detektéiert.
Déi automatiséiert Isolatioun a Purifikatioun vun der SARS-CoV-2 viraler RNA baséiert op dem Prinzip vun de Magnéitkugelen mat Hëllef vun Abbott DNA-Proufvirbereedungsreagenzien. D'Inaktivéierung vu Proben an d'Léisung vu virale Partikelen gëtt mat engem Detergent mat Guanidinisothiocyanat duerchgefouert, fir d'Protein ze denaturéieren an d'RNase z'inaktivéieren. D'RNA gëtt dann duerch Festphaseneentrennung mat Siliziumdioxid, also dem Guanidiniumsalz, vum Protein getrennt, an den alkalesche pH-Wäert vum Lysepuffer fördert d'Bindung vun den Nukleinsäuren un d'Siliziumdioxid (SiO2). De Spullschratt läscht verbleiwen Proteinen a Reschter ewech, fir eng kloer Léisung ze produzéieren. Transparent RNA gëtt aus Siliziumdioxid-baséierte Mikropartikelen mat Hëllef vum Magnéitfeld vum Instrument isoléiert20,21. Op der anerer Säit gëtt déi manuell Isolatioun a Purifikatioun vun der RNA mat der Spinkolonnmethod duerchgefouert, andeems Zentrifugatioun amplaz vun engem Magnéitstativ an d'Trennung vu Mikropartikelen vum Eluent benotzt gëtt.
Den Abbott Real-Time SARS-CoV-2 Detection Test (Abbott Molecular, Inc.) gouf no den Instruktioune vum Hiersteller duerchgefouert, déi EUA19,22 vun der WHO an der FDA kruten. An dësem Protokoll gouf d'Inaktivéierung vun der Prouf virun der Extraktioun an engem Waasserbad bei 56 °C fir 30 Minutten duerchgefouert. Nom Virusinaktivéierung gouf d'Nukleinsäureextraktioun op engem Abbott m2000 SP Instrument aus 0,5 ml VTM mat engem Abbott m2000 DNA Proufvirbereedungssystem duerchgefouert. laut dem Hiersteller. Amplifikatioun an Detektioun goufen mat engem Abbott m2000 RT-PCR Instrument duerchgefouert, an eng duebel Detektioun gouf fir d'RdRp an N Genen duerchgefouert. ROX) a VIC P (proprietär Faarfstoff) fir d'Zilsetzung an d'Detektioun vun internen Kontrollen, wat d'gläichzäiteg Detektioun vu béide Amplifikatiounsprodukter erméiglecht 19.
D'Amplifikatiounsdetektiounsmethod vun dësem Kit baséiert op der One-Step RT-PCR Technologie. D'ORF1a/b an N Genen goufen als konservéiert Regiounen vun Daan Gene Technology ausgewielt fir d'Amplifikatioun vun der Zilregioun ze detektéieren. Spezifesch Primer a fluoreszent Sonden (N Gensonden markéiert mat FAM, ORF1a/b Sonden markéiert mat VIC) goufen entwéckelt fir SARS-CoV-2 RNA a Proben ze detektéieren. Den endgültegen Eluent an d'Mastermixe goufen preparéiert andeems 5 µl Eluent zu 20 µl vum Mastermix bäigefüügt goufen, bis zu engem Endvolumen vun 25 µl. Amplifikatioun an Detektioun goufen gläichzäiteg op engem ABI 750024 Echtzäit-PCR Instrument duerchgefouert.
D'ORF1a/b- an N-Genen goufen mam Sansure Biotech nCoV-2019 Nucleic Acid Diagnostic Kit (fluoreszent PCR-Detektioun) detektéiert. Preparéiert spezifesch Sonden fir all Zilgen andeems Dir de FAM-Kanal fir d'ORF1a/b-Regioun an de ROX-Kanal fir den N-Gen auswielt. Zu dësem Assay-Kit ginn Eluent a Mastermix-Reagenzien wéi follegt bäigefüügt: preparéiert 30 µl Mastermix-Reagens an 20 µl eluéiert Prouf fir d'Detektioun/Amplifikatioun. Echtzäit-PCR ABI 750025 gouf fir d'Amplifikatioun/Detektioun benotzt.
Den SARS-CoV-2 BGI-Test ass e fluoreszenten Echtzäit-rRT-PCR-Kit fir d'Diagnos vu COVID-19. D'Zilregioun läit an der ORF1a/b-Regioun vum SARS-CoV-2-Genom, wat eng Method fir d'Detektioun vun engem eenzege Gen ass. Zousätzlech ass dat mënschlecht Housekeeping-Gen β-Aktin en intern reguléiert Zilgen. De Mastermix gëtt virbereet andeems 20 µl vum Mastermix-Reagens an 10 µl vun der extrahéierter RNA-Prouf an enger Wellplack gemëscht ginn26. En ABI 7500 fluoreszenten quantitativen Echtzäit-PCR-Instrument gouf fir d'Amplifikatioun an d'Detektioun benotzt. All Nukleinsäureamplifikatioun, PCR-Lafbedingungen fir all Assay an Interpretatioun vun de Resultater goufen no den Instruktioune vum jeweilege Hiersteller duerchgefouert (Tabell 3).
An dëser komparativer Analyse hu mir d'Referenzstandardmethod net benotzt fir d'prozentuell Iwwereneestëmmung (positiv, negativ an allgemeng) an aner Vergläichsparameter fir déi véier Analysen ze bestëmmen. All Testvergläich gouf mat CRS gemaach, an dëser Studie gouf d'CRS duerch d'Regel "all positiv" festgeluecht an d'Resultat gouf bestëmmt, net duerch en eenzegen Test, mir hunn op d'mannst zwee iwwereneestëmmend Testergebnisse benotzt. Zousätzlech sinn am Fall vun der COVID-19-Iwwerdroung falsch negativ Resultater méi geféierlech wéi falsch positiv Resultater. Dofir, fir sou genee wéi méiglech "positiv" aus engem CRS-Resultat ze soen, mussen op d'mannst zwee Assaytester positiv sinn, dat heescht datt op d'mannst ee positivt Resultat wahrscheinlech vun engem EUA-Assay kënnt. Sou ginn vun de véier Testergebnisse zwee oder méi Testergebnisse, déi datselwecht Resultat ginn, als richteg positiv oder negativ ugesinn18,27.
D'Donnéeë goufen mat Hëllef vu strukturéierte Formulairen fir Datenextraktioun gesammelt, d'Dateneingabe an d'Analyse goufe mat der Statistiksoftware Excel an SPSS Versioun 23.0 fir deskriptiv Statistik duerchgefouert. Positiv, negativ a generell Prozentsazkonformitéit goufen analyséiert, an e Kappa-Score gouf benotzt fir de Grad vun der Konformitéit vun all Method mat CRS ze bestëmmen. D'Kappa-Wäerter ginn wéi follegt interpretéiert: 0,01 bis 0,20 fir liicht Konformitéit, 0,21 bis 0,40 fir allgemeng Konformitéit, 0,41-0,60 fir mëttelméisseg Konformitéit, 0,61-0,80 fir grouss Konformitéit an 0,81-0,99 fir komplett Konformitéit28.
D'ethesch Genehmegung gouf vun der Universitéit vun Addis Abeba kritt an all experimentell Protokoller fir dës Studie goufen vum wëssenschaftleche Ethikprüfungscomité vum Ethiopian Public Health Institute guttgeheescht. D'Referenznummer fir d'EPHI Ethics License ass EPHI/IRB-279-2020. All Methode goufen am Aklang mat den Empfehlungen a Bestëmmunge vun den ethiopeschen nationalen ëmfaassende Richtlinne fir d'Behandlung vu COVID-19 ugewannt. Zousätzlech gouf eng schrëftlech informéiert Zoustëmmung vun alle Studienparticipanten virun der Participatioun un der Studie kritt.
All Donnéeën, déi an dëser Studie gesammelt oder analyséiert goufen, sinn an dësem publizéierten Artikel abegraff. Donnéeën, déi d'Resultater vun dëser Studie ënnerstëtzen, sinn op Ufro vum jeweilegen Auteur verfügbar.
Weltgesondheetsorganisatioun. Empfehlungen fir Labortesterstrategien fir COVID-19: Interim Richtlinnen, 21. Mäerz 2020 Nr. WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI COVID-19 Smart Diagnos an der Urgence: All-in an der Praxis. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI COVID-19 Smart Diagnos an der Urgence: All-in an der Praxis.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. a Gurgulianis, KI Intelligent Diagnos vu COVID-19 an der Noutfalldéngscht: alles an der Praxis.Muliou DS, Pantazopoulos I. a Gurgulyanis KI Intelligent Diagnos vu COVID-19 an den Noutfäll: End-to-End Integratioun an der Praxis. Expert Reverend Respire. medicine. 3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. Evaluatioun vum COVID19 ID NOW EUA-Assay. Mitchell, SL & St George, K. Evaluatioun vum COVID19 ID NOW EUA-Assay.Mitchell, SL a St. George, K. Evaluatioun vum COVID19 ID NOW EUA-Assay.Mitchell SL a St. George K. Evaluatioun vum COVID19 ID NOW EUA Assay. J. Clinical. Virus. 128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
WHO. Laboratoire Noweis vun der Coronavirus Krankheet 2019 (COVID-19) bei Verdacht op mënschlech Krankheet. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (zougegraff de 15. August 2020) (WHO, 2020).
Udugama, B. et al. COVID-19 Diagnos: Krankheeten an Testinstrumenter. ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al. Grënnung vum College of Pathologists of Eastern, Central and Southern Africa – Regional School of Pathology of the Middle East and South Africa. Afrika. J. Lab. medicine. 9(1), 1-8 (2020).
Äthiopescht Institut fir ëffentlech Gesondheet, Bundesministère fir Gesondheet. Interim National Strategie a Richtlinne fir d'Laboratoirediagnos vu COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (zougegraff den 12. August 2020) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Falsch-negativ Tester fir Erausfuerderungen an Implikatioune vun der SARS-CoV-2 Infektioun. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS Falsch-negativ Tester fir Erausfuerderungen an Implikatioune vun der SARS-CoV-2 Infektioun.Voloshin S., Patel N. a Kesselheim AS Falsch-negativ Tester fir SARS-CoV-2 Infektiounen an hir Konsequenzen.Voloshin S., Patel N. a Kesselheim AS Falsch-negativ Tester fir Provokatioun an den Impakt vun enger SARS-CoV-2 Infektioun. N. eng. J. Medicine. 383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Falsch-positiv a falsch-negativ COVID-19 Fäll: Strategien zur Präventioun a Behandlung vun der Atmung, Impfung a weider Perspektiven. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Falsch-positiv a falsch-negativ COVID-19 Fäll: Strategien zur Präventioun a Behandlung vun der Atmung, Impfung a weider Perspektiven. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI вакцинация и дальнейшие перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Falsch positiv a falsch negativ Fäll vu COVID-19: Strategien zur Präventioun a Behandlung vun der Atmung, Impfung an de Wee no vir.Muliu, DS a Gurgulianis, KI Falsch-positiv a falsch-negativ Fäll vu COVID-19: Strategien fir d'Préventioun an d'Behandlung vun der Atmung, Impfung an de Wee no vir. Expert Reverend Respire. medicine. 15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. COVID-19 Diagnos an der Urgence: De Bam gesinn, awer de Bësch verléieren. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. COVID-19 Diagnos an der Urgence: De Bam gesinn, awer de Bësch verléieren.Mouliou, DS, Ioannis, P. a Konstantinos, G. COVID-19 Diagnos an der Urgence: De Bam gesinn, de Bësch verléieren.Muliou DS, Ioannis P., a Konstantinos G. COVID-19 Diagnos an den Urgence: Net genuch Bësch fir d'Beem. Appear. medicine. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al. Validatioun a Validatioun vun der analytescher a klinescher Leeschtung vum Abbott RealTime SARS-CoV-2 Assay. J. Clinical. Virus. 129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Vergläich vu fënnef Primer-Sets aus verschiddene Genomregiounen vu COVID-19 fir den Noweis vun enger Virusinfektioun duerch konventionell RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Verglach vu fënnef Primer-Sets aus verschiddene Genomregiounen vu COVID-19 fir den Noweis vun enger Virusinfektioun duerch konventionell RT-PCR.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. an Aflatunyan, B. Verglach vu fënnef Sätz vu Primer aus verschiddene Regioune vum COVID-19 Genom fir den Noweis vun enger viraler Infektioun duerch konventionell RT-PCR. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M., & Aflatoonian, B.不同基因组区域的五个引物组，用于通过常规RT-PCR 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. Verglach vu 5 verschiddene genetesche Regioune vu COVID-19 fir den Noweis vun enger viraler Infektioun duerch konventionell RT-PCR.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. an Aflatunyan B. Verglach vu fënnef Sätz vu Primer aus verschiddene Regioune vum COVID-19 Genom fir den Noweis vun enger viraler Infektioun duerch konventionell RT-PCR.Iran. J. Mikrobiologie. 12(3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. Virleefeg Resultater vum nationale externen Qualitéitsbeurteilungsprogramm fir den Noweis vun SARS-CoV-2 Genomsequenzen. J. Clinical. Virus. 129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. Analytesch Evaluatioun vun der Effizienz vu fënnef RT-PCR Kits fir de Coronavirus mat schwéierem akutem respiratoresche Syndrom 2. J. Clinical. laboratory. anus. 35(1), e23643 (2021).
Wang B. et al. Evaluatioun vu siwe kommerziell verfügbare SARS-CoV-2 RNA-Detektiounskits a China baséiert op Echtzäit-Polymerase-Kettenreaktioun (PCR). klinesch. Chemesch. Laboratoire. Medizin. 58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB et al. Vergläich vu siwe kommerziellen RT-PCR COVID-19 Diagnostikkits. J. Clinical. Virus. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, et al. Vergläich vun der diagnostischer Leeschtung vun zwou PCR-Kits fir den Noweis vun SARS-CoV-2 Nukleinsäuren. J. Clinical. laboratory. anus. 34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR, etc. Eng Vergläichsstudie vu véier SARS-CoV-2 Nukleinsäure-Amplifikatiounstestplattformen (NAAT) huet gewisen, datt d'ID NOW-Performance jee no Patient an Prouftyp signifikant verschlechtert gouf. Diagnos. Mikrobiologie. Infect. Diss. 99(1), 115200 (2021).
Abbott Molekül. Pakbeilage fir d'Abbott Echtzäit-Analyse vun SARS-CoV-2. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay. 1-12. (Stand: 10. August 2020) (2020).
Klein, S. et al. SARS-CoV-2 RNA Isolatioun mat Hëllef vu Magnéitperlen fir eng séier Groussdetektioun duerch RT-qPCR an RT-LAMP. Virus 12(8), 863 (2020).